Sterilizacija veiksminga bus tik tada, kai instrumentai yra tinkamai išvalyti, dezinfekuoti, supakuoti bei išdėstyti kameroje laikantis nustatytų sterilizacijos ciklo parametrų.

Automatinėse plovimo ir dezinfekcijos mašinose valomi ir dezinfekuojami chirurginiai ir kiti metaliniai instrumentai, endoskopai, dirbtinio kvėpavimo įrangos, kitų prietaisų dalys, laboratoriniai indai ir instrumentai. Jautrūs šilumai instrumentai apdorojami mašinose šiluminiu- cheminiu būdu, kiti – šiluminiu būdu. Šiluminis- cheminis valymas ir dezinfekcija mašinose atliekama naudojant šarminius arba neutralius valiklius su fermentais ir dezinfekuojant 60º temperatūroje su cheminiais, gamintojų rekomenduojamais dezinfekciniais tirpalais. Šiluminis valymas ir dezinfekcija mašinose atliekamas, naudojant tinkamą valiklį ir dezinfekciją karščiu (85- 93ºC).

Ultragarsu galima valyti smulkius metalinius geros kokybės plieno instrumentus arba jų dalis. Ultragarso vonelė užpildoma iki žymės valikliu arba valomuoju dezinfekciniu tirpalu, į vonelę pamerkiami prietaisai išdėstyti talpoje (prietaisai turi būti pilnai apsemti). Po valymo ultragarsu naudoti tirpalai išpilami, kartotinai gali būti naudojami tik švarūs tirpalai. Po valymo instrumentai skalaujami geriamuoju ir distiliuotu vandeniu rankiniu būdu arba specialioje įrangoje, po to džiovinami.